Il recrute les jeunes Javier Zanetti, Roberto Carlos, Iván Zamorano, Youri Djorkaeff, Diego Simeone, Gianluca Pagliuca, Aron Winter ainsi que le charismatique joueur anglais Paul Ince. Moratti confie les rênes de l’équipe à l’entraineur anglais Roy Hodgson. Massimo Moratti, fils du légendaire président de la Grande Inter Angelo Moratti rachète le club au cours de la saison 1994/95. Il ambitionne de concurrencer la Juventus et le Milan AC avec une politique d’investissement importante. Le jeune entraîneur Roberto Mancini arrive à la tête de l’équipe à l’été 2004. Le club enregistre les arrivées de joueurs majeurs comme Esteban Cambiasso, Walter Samuel, Juan Sebastian Veron, Julio Cruz, David Pizarro, Dejan Stanković, Siniša Mihajlović et du Ballon d’Or Luis Figo en provenance du Real Madrid. La saison suivante est l’une des plus abouties de cette période, elle est marquée par l’arrivée de la superstar brésilienne Ronaldo, sacré Ballon d’or en 1997. Sous la direction de Luigi Simoni, l’équipe atteint à nouveau la finale de la Coupe de l’UEFA et s’impose face à la Lazio de Rome au Parc des princes 3 à 0 après une partie spectaculaire du brésilien.
Les Monégasques remportent ce match à l’issue d’un match disputé qui se finit sur le score de un à deux grâce encore une fois à Emmanuel Rivière et Radamel Falcao. Une faute dans la surface de Iuliano sur Ronaldo serait l’objet d’une discorde qui nourrira la rivalité entre les deux clubs durant les années suivantes. Ronaldo se blesse gravement et Luigi Simoni est finalement démis de ses fonctions, remplacé par Mircea Lucescu, sans succés. En Ligue des champions l’équipe est éliminée en 1/4 de finale une nouvelle fois face au rival du Milan AC qui voit la victoire attribuée aux Rossoneri sur tapis vert après des débordements des supporters de l’Inter. À cette époque, la majorité des supporters marseillais issus des quartiers populaires et ouvriers se retrouvent dans le virage Nord. Cette période est marquée par la présence de joueurs emblématiques qui deviendront des figures importantes du club tels que Júlio César, Esteban Cambiasso, Marco Materazzi, Walter Samuel, Ivan Cordoba, Christian Chivu, Luis Figo, Hernan Crespo, Francesco Toldo, Dejan Stankovic et Douglas Maicon.
Cette politique ne permet pourtant pas au club de reconquérir le championnat, largement dominé par l’AC Milan et la Juventus. Longtemps en tête du championnat, l’Inter finit finalement second derrière la Juventus après une défaite dans une confrontation directe qui fait encore l’objet de vives polémiques. La saison 1998-99 est un échec, en dépit d’une victoire face au Real Madrid, l’Inter est éliminée en 1/4 de finale de la Ligue des Champions face à Manchester United. Néanmoins une défaite fatale face au Genoa en mai la prive de tout espoir de victoire finale et l’Inter termine deuxième ex æquo avec son rival milanais. Il joue son premier match avec l’équipe des Pays-Bas espoirs le 10 août 2011 face à la Suède. La saison suivante l’équipe est éliminée de façon rocambolesque au tour préliminaire de la Ligue des champions face à la modeste équipe d’Helsinborg. Les hommes de Mécha Bazdarevic s’inclinent finalement sur le score de 2 à 1 face au FC Sochaux. Le score est écrit en vert si l’équipe de France a gagné le match, en noir si elle a fait match nul et en rouge si elle a perdu le match.
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